Dopo un inatteso passaggio di proprietà, la direzione del celebre manicomio di Gotham City, l’Arkham Asylum, è passata ad un ambiguo uomo d’affari, Quincy Sharp che ne ha promosso la ristrutturazione, aggiornandone le strutture con i più moderni ritrovati della tecnologia, sotto la sponsorizzazione della Wayne Enterprises. Ora l’Arkham è un centro d’eccellenza e di massima sicurezza in cui molti psicologi ambiziosi possono portare avanti le loro sperimentazioni in vari ambiti. Batman ha appena risolto una crisi causata dalla sua storica nemesi, il Joker, il quale ha preso in ostaggio il sindaco di Gotham, ma si è poi arreso al vigilante mascherato senza opporre eccessiva resistenza. Inoltre un misterioso incendio è divampato nel locale carcere di BlackGate, cosa che ha costretto la polizia a trasferire centinaia di detenuti, tra i quali molti ex uomini del Joker, proprio nel manicomio di Arkham.