Questo gioco riprende la storia da dove la avevamo lasciata nel primo episodio e con questo capitolo concludiamo la saga incontrando nuovi personaggi e nuove isole.
come nel precedente gioco ci sono 6 isole con ognuna 3 boss (2 obbligatori e 1 opzionale) in più e possibile importare i salvataggi del primo episodio.

Ciurma di Cappello di Paglia.

Rufy inizia l’avventura da solo, ma, ben presto, grazie alla sua determinazione ed alla fiducia che ispira nel prossimo, conosce vari individui che decideranno di seguirlo nella sua avventura diventando suoi inseparabili compagni. Ognuno dei membri della sua ciurma è guidato da un rapporto di amicizia e rispetto verso il capitano, nonché da un sogno da realizzare. La taglia complessiva attuale della ciurma è di 800.000.050 berry.

* Monkey D. Rufy (detto “Cappello di Paglia”): è il capitano della ciurma, che, attualmente, contando lui, vanta nove membri. È figlio del capo dei rivoluzionari Monkey D. Dragon, fratellastro di Portuguese D. Ace (comandante della seconda flotta di Barbabianca) e nipote del vice-ammiraglio della Marina Monkey D. Garp. Da piccolo mangiò il frutto di Gom Gom, un frutto Paramisha recuperato da Shanks il rosso, che donò al suo corpo una struttura elastica estensibile ed invulnerabile ai proiettili ed ai colpi fisici più deboli. È un convinto idealista disposto a tutto per realizzare il sogno di diventare il re dei pirati. Sotto l’apparenza dell’ingenuo e dell’ingordo, si nasconde un grande cuore ed una forte determinazione se si tratta di aiutare chi come lui è alimentato da un sogno. Dopo gli avvenimenti di Marineford la sua taglia ammonta a 400 milioni di berry.
* Roronoa Zoro (detto “Il cacciatore di pirati”): prima di entrare nella ciurma era un temutissimo cacciatore di pirati, più che altro per necessità, ma con il sogno di divenire il “miglior spadaccino del mondo”; si unisce a Rufy dopo essere stato salvato da un’imminente condanna a morte. La sua abilità è quella di combattere con tre spade (una per mano e la terza stretta fra i denti). Come Rufy è animato da una fortissima determinazione. La sua taglia dopo Enies Lobby ammonta a 120 milioni di berry.