Il gioco inizia con l’evasione dei pazienti dal manicomio criminale Arkham Asylum, che ospita i pericolosi malviventi della città di Gotham City.
Dopo la fuga i malfattori si riversano in città, terrorizzando i cittadini, per poi dividersi in tre bande: la prima con a capo il Joker; la seconda comandata dal Pinguino; la terza guidata dall’Enigmista.
I due supereroi, Batman e Robin, dovranno fermare i criminali e riportare la tranquillità in città, sgominando ciascuna delle gang, che intanto tenteranno di portare a termine i loro malvagi piani:
L’ Enigmista, Poison Ivy, Due Facce, Mister Freeze e Faccia d’ Argilla rubano le armi a loro necessarie per rapinare il forte che custodisce la riserva aurifera di Gotham.
Il Pinguino, Catwoman, Killer Croc, Bane e Man-Bat costruiscono un’ antenna satellitare grazie alla quale guidare contro la città un esercito di pinguini robot.
Il Joker, Harley Quinn, Killer Moth, lo Spaventapasseri e il Cappellaio Matto ammassano nella cattedrale di Gotham ua quantità di gas-Joker tale da sterminare la città.
Dopo ardue battaglie, l’ Uomo Pipistrello e il Ragazzo Meraviglia riescono a mandare in fumo i piani dei loro arcinemici, che alla fine verranno nuovamente incarcerati nel manicomio.
